日本在住の方は国民健康保険（自営業者など）か協会けんぽ（被雇用者）のいずれかに加入している国民皆保険制度の下、医療を受けています。国民皆保険制度の下で行う医療（保険診療）の場合、日本では年齢と収入に応じて自己負担割合が1～3割となっております。多くの方は3割負担となります。10,000円の医療を受けた場合の窓口でのお支払い額は3,000円となります。ただし全ての医療が保険診療にはなりません。一定のルールがあります。胃カメラと大腸カメラを同じ日に同時に行うことは九州厚生局に過剰診療と判断されるため、保険診療が適応されません。日本在住者は別々の日に行いかつ、適切な保険病名が適応できる状態の方であれば胃カメラも大腸カメラも保険適応で検査を受けることができます。同日胃カメラと大腸カメラを同時に行う内視鏡健診は1日で終わるメリットがある反面、自費診療で行うこととなります。「Time is money」を重要視している方や、会社の経費で受診する方などにお勧めです。
自費診療で大腸カメラを行ってもポリープがあった場合は大腸ポリープという保険病名の下、保険診療に切り替えてポリープを同時に切除することができます。大腸ポリープ切除となると検査の3倍以上の診療費がかかりますが、3割負担となることでお支払額はあまり変わらないこととなります。1割負担の方であればお支払額がもっと安くなります。日本の医療保険資格を持たない海外在住者の方は、ポリープ切除も自費診療で行わなければなりませんのでポリープがあって同時切除する場合は別途ポリープ切除術代がかかることになります。ここが日本在住者との大きな違いとなります。ただし、近年の円安事情と海外の物価高騰を加味すると、日本国内で受ける方が海外で受けるよりお安く済むと考えられます。しかも日本の内視鏡レベルは世界最高レベルです。ちなみにポリープ切除術は入院がなくても日帰り手術扱いとなるため、任意加入されている方であれば生命保険からほとんどの場合で保険金が給付されますので出費は緩和されます。